На основу њиховог развоја и структуре снимања, могу се широко поделити у три категорије: ендоскопи са крутом цеви, фибероптички (флексибилни) ендоскопи и електронски ендоскопи.
1. Ендоскопи за дигестивни тракт: езофагоскопи са крутом цеви; фибероптички езофагоскопи; електронски езофагоскопи; ултразвучни електронски езофагоскопи, фибероптички гастроскопи, електронски гастроскопи, ултразвучни електронски гастроскопи, фибероптички дуоденоскопи, електронски дуоденоскопи, фибероптички ентероскопи, електронски ентероскопи, фибероптички колоноскопи, електронски колоноскопи, фибероптичкоскоп си, фибероптичкоскоп и фибероскопи.
2. Ендоскопи за респираторни систем: ларингоскопи са крутом цеви, фибероптички ларингоскопи, електронски ларингоскопи, фибероптички бронхоскопи, електронски бронхоскопи, торакоскопи и медијастиноскопи.
3. Ендоскопи за перитонеалну шупљину: крута цев, фибероптички и електронски хируршки лапароскоп.
4. Ендоскопи за билијарни тракт: холедохоскопи са крутом цеви, фибероптички холедохоскопи, електронски холедохоскопи и холедохоскопи за мајке-и-дете.
5. Ендоскопи за уринарни систем: (1) Цистоскопи: Могу се поделити на инспекцијске цистоскопе, цистоскопе за катетеризацију уретера, хируршке цистоскопе, наставне цистоскопе, фотографске цистоскопе, педијатријске цистоскопе и женске цистоскопе. (2) уретероскопи. (3) Нефроскоп.
6. Ендоскопи за гинекологију: колпоскопи и хистероскопи.
7. Ендоскопи за крвне судове: васкуларни ендоскопи.
8. Ендоскопи за зглобове: артроскопи. Ендоскопија оптичким влакнима
Систем за ендоскопију са оптичким влакнима састоји се од два дела: тела ендоскопа и извора хладног светла. Унутар тела ендоскопа налазе се два снопа оптичких влакана: један који се зове сноп, који преноси светлост коју генерише хладни извор светлости на површину објекта који се посматра, осветљавајући га; други се зове сноп слике, који је сноп од десетина хиљада оптичких влакана пречника мањег од 1 микрометра распоређених у редове. Један крај је поравнат са окуларом, а други крај пролази кроз сочиво објектива и поравнат је са површином предмета који се посматра. Лекари могу директно да визуелизују површину органа кроз окулар, олакшавајући правовремену и тачну дијагнозу. На пример, уз помоћ ендоскопа, лекари могу да посматрају чиреве или туморе у стомаку и у складу са тим формулишу најбољи план лечења.
Снопови оптичких влакана који преносе слику чине језгро оптичког ендоскопа. Састоји се од десетина хиљада изузетно финих стаклених влакана. У складу са принципом потпуне унутрашње рефлексије у оптици, сва стаклена влакна морају бити обложена филмом са ниским-индексом-преламања како би се осигурало да сва светлост коју преносе језгра влакана подлеже тоталној унутрашњој рефлексији. Једно влакно преноси само једну тачку светлости. За визуелизацију слике, велики број влакана мора бити повезан заједно. За пренос исте слике на други крај, свако влакно мора бити идентично позиционирано на оба краја; ово се зове пакет водича за слике. Фибероптички ендоскопи обично имају две цеви од стаклених влакана. Светлост улази у тело кроз једну цев, док лекар посматра кроз другу цев или преко камере. 1981. године успешно је развијена ендоскопска ултразвучна технологија. Овај нови развој, комбинујући напредну ултразвучну технологију са ендоскопијом, значајно је повећао тачност дијагнозе лезија. Неке операције се могу извести помоћу ендоскопа и ласера. Оптичка влакна ендоскопа могу да испоруче ласерски зрак за сагоревање израслина или тумора и заптивање крвних судова који крваре.
Електронски ендоскопи су се појавили 1980-их са развојем електронике и дигиталне видео технологије. Ово је заменило оптички пренос слике са фотоосетљивим интегрисаним колом за сликовне системе, што је резултирало врхунским квалитетом слике, већом осветљеношћу и већим сликама, омогућавајући детекцију још финијих лезија. Штавише, електронски ендоскопи имају мањи спољни пречник, дајући јасније и интуитивније слике и лакши су за руковање. Неки ендоскопи чак садрже микро-сензоре интегрисаног кола за враћање посматраних информација у рачунар. Они могу да добију дијагностичке информације о морфологији ткива и органа, као и да мере различите физиолошке функције. Структура електронских ендоскопа је у основи иста као и код ендоскопа са оптичким влакнима; једноставно речено, ЦЦД замењује пакет водича за слику, нудећи многе функције које ендоскопи са оптичким влакнима не могу да остваре. Највећа разлика између електронских и оптичких ендоскопа је употреба ЦЦД уређаја, познатог као минијатурни сензор слике, уместо снопа водича за слику оптичких влакана.